สถาบันการบินพลเรือน จัดตั้งขึ้นในลักษณะของโครงการความร่วมมือระหว่างกองทุนพิเศษสหประชาชาติ (United Nations Special Fund :UNSF) องค์การการบินพลเรือนระหว่างประเทศ (International Civil Aviation Organization : ICAO) และรัฐบาลไทย เมื่อวันที่ 4 มิถุนายน พ.ศ. 2504 ภายใต้ชื่อ ศูนย์ฝึกการบินพลเรือนในประเทศไทย เป็นโครงการระยะเวลา 5 ปี (พ.ศ.2504-2508) ซึ่งมีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนากิจการบินพลเรือนระหว่างประเทศในภูมิภาคเอเชีย แปซิฟิำกให้เจริญรุดหน้าทันกับเทคโนโลยีตามที่องค์การการบินพลเรือนระหว่าง ประเทศกำหนดไว้ ในภาคผนวกแห่งอนุสัญญาว่าด้วยการบินพลเรือนระหว่างประเทศ

 

ต่อมาในปี พ.ศ. 2509 รัฐบาลไทยได้รับมอบศูนย์ฝึการบินพลเรือนในประเทศไทยมาดำเนินการ โดยให้มีฐานะเป็นสถานฝึกอบรมอยู่ในความรับผิดชอบของกรมการบินพาณิชย์ (ปัจจุบันคือกรมการบินพลเรือน) กระทรวงคมนาคม ตั้งแต่ วันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2509 และในปี พ.ศ. 2530 รัฐบาลได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมการบินพาณิชย์ใหม่ โดยได้จัดตั้งศูนย์ฝึกการบินพลเรือนในประเทศไทย (มีฐานะเป็นหน่วยงานระดับกอง) ในกรมการบินพาณิชย์ กระทรวงคมนาคม เืพื่อให้การปฎิบัติราชการเกิดความคล่องตัว มีประสิทธิภาพและเหมาะสมกับสภาพงานในขณะนั้น

 

ด้วยความสำคัญของการผลิตและพัฒนาบุคลากรด้วนการบิน อันเป็นปัจจัยสำคัญในการพัฒนาอุตสาหกรรมการบินของประเทศ ซึ่งส่งผลต่อเนื่องไปยังการพัฒนาประเทศชาติโดยรวม และเพื่อให้การบริหารงานของภาครัฐมีความคล่องตัวและมีประสิทธิภาพเพิ่มยิ่ง ขึ้น รัฐบาลจึงได้ตราพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสถาบันการบินพลเรือน พ.ศ.2535 แปรสภาพศูนย์ฝึกการบินพลเรือนในประเทศไทย เป็น สถาบันการบินพลเรือน รัฐวิสาหกิจ สังกัดกระทรวงคมนาคม