มหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น ได้รับอนุมัติจัดตั้งจากทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 5 มกราคม พ.ศ. 2532 อนุญาตให้จัดการศึกษาหลักสูตรปริญญาตรี ภายใต้การกำกับดูแลของทบวงมหาวิทยาลัย ตามพระราชบัญญัติสถาบันอุดมศึกษาเอกชน พ.ศ. 2522 แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2535
 

หลักสูตรปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น เป็นหลักสูตรที่สร้างขึ้นเพื่อให้ครบถ้วนสมบูรณ์ในการที่จะเสริมต่อระบบการศึกษา ที่คณะผู้บริหารเซนต์จอห์นรับผิดชอบอยู่ นับตั้งแต่ระดับแรกสุด คือ อนุบาล ประถม มัธยม สูงขึ้นเป็นระดับ อาชีวศึกษา และประกาศนียบัตรวิชาชีพชั้นสูง

ซึ่งยังไม่ครบถ้วน สมบูรณ์ตามแผนการศึกษาแห่งชาติ และความต้องการของสังคมสมัยใหม่ คณะผู้บริหารจึงได้ขออนุญาตจัดตั้งวิทยาลัย และเปิดสอนหลักสูตรระดับปริญญาตรีขึ้น คณะแรกที่มหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น ตั้งใจจะประสานต่อสายใยทางการศึกษาในกลุ่มเซนต์จอห์น ให้สมบูรณ์ในระดับอุดมศึกษาก็คือ คณะบริหารธุรกิจ ซึ่ง ประกอบด้วย 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาการบัญชี และสาขาวิชาการตลาด รับนักศึกษาภาคกลางวันเรียน 4 ปี และต่อเนื่อง 2 ปี
 

ต่อมาในปี พ.ศ. 2534 มหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น ได้ขยายการสอนเพิ่มสาขาในคณะบริหารธุรกิจอีก 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาการจัดการ และสาขาวิชาการจัดการสารสนเทศคอมพิวเตอร์ พร้อมกับขอเปิดคณะวิชาใหม่ คือ คณะนิเทศศาสตร์ ซึ่ง ประกอบด้วย 3 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาการโฆษณา สาขาวิชาการประชาสัมพันธ์ และสาขาวิชาวิทยุกระจายเสียงและวิทยุโทรทัศน์
 

ในปีการศึกษา 2535 มหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น ได้เปิดดำเนินการหลักสูตรอุตสาหกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล และสาขาวิชาวิศวกรรมไฟฟ้า ส่วนในกลุ่มวิชาภาษาศาสตร์นั้น มหาวิทยาลัยเปิดดำเนินการ หลักสูตรศิลปศาสตร์บัณฑิต สาขาวิชาภาษาอังกฤษเพื่อการสื่อสารสากล