มหาวิทยาลัยนานาชาติเอเชีย-แปซิฟิก เป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชนของคริสตจักรเซเว่นธ์-เดย์แอ๊ดเวนตีสภาคพื้นเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ จัดตั้งภายใต้มูลนิธิคริสเตียนเมดิคอลของเซเว่นธ์เดย์แอ๊ดเวนตีส ซึ่งเป็นมูลนิธิที่มีวัตถุประสงค์เพื่อการสาธารณกุศลด้านการศึกษา การแพทย์ การศาสนา การพัฒนาชุมชน และอื่นๆ โดยมิได้มุ่งหาผลประโยชน์มาแบ่งปันกันเพื่อคนหนึ่งคนใดโดยเฉพาะ
มหาวิทยาลัยมีกิจกรรมหลายอย่างที่ได้กระทำตามวัตถุประสงค์ของมูลนิธิฯ เช่น การสงเคราะห์ทุนการศึกษาให้แก่เยาวชนผู้ด้อยโอกาส การร่วมกิจกรรมของหน่วยแพทย์เคลื่อนที่ การออกค่ายอาสาพัฒนาชนบท การพัฒนาทักษะทางด้านภาษาอังกฤษแก่เด็กและเยาวชนในท้องถิ่น การให้บริการทางด้านวิชาการแก่ชุมชน สถาบันการศึกษา สถานบริการสุขภาพทั้งในและต่างประเทศ เป็นต้น
มหาวิทยาลัยนานาชาติเอเชีย-แปซิฟิกพัฒนามาจากโรงเรียนพยาบาลโรงพยาบาลมิชชั่น ซึ่งเป็นสถาบันการศึกษาที่ได้ก่อตั้งขึ้นโดยมิชชันนารีคณะเซเว่นธ์เดย์แอ๊ดเวนตีส มีวัตถุประสงค์เพื่อให้ความช่วยเหลือในด้านการรักษาพยาบาล การฟื้นฟูและการส่งเสริมสุขภาพแก่ประชาชน โดยจัดตั้งโรงพยาบาล สถานีอนามัย โรงเรียนพยาบาลขึ้นทั่วไปในประเทศต่างๆ
ในปี พ.ศ. 2480 นายแพทย์ ราฟ เอฟ วอดแดล และภรรยาได้รับอนุญาตให้จัดตั้งโรงพยาบาลมิชชั่นในประเทศไทย ซึ่งเปิดทำการครั้งแรกที่ห้าแยกพลับพลาไชย ภายหลังได้ย้ายมายังเลขที่ 430 ถนนพิษณุโลก กรุงเทพฯ จนถึงปัจจุบัน
ปี พ.ศ. 2484 โรงพยาบาลมิชชั่นได้ขออนุญาตเปิดโรงเรียนพยาบาลเพื่อผลิตพยาบาลสำหรับให้บริการแก่ผู้ป่วยในโรงพยาบาลมิชชั่น แต่เปิดสอนได้ไม่นานก็ต้องปิดลงเนื่องจากสงครามโลกครั้งที่ 2
ปี พ.ศ. 2490 โรงเรียนพยาบาลโรงพยาบาลมิชชั่น ได้เปิดทำการสอนอีกครั้ง ณ เลขที่ 430 ถนนพิษณุโลก กรุงเทพฯ ซึ่งอยู๋ในบริเวณเดียวกันกับโรงพยาบาลมิชชั่น ตลอดเวลาที่เปิดดำเนินการโรงเรียนพยาบาลฯ ได้ทำการปรับปรุงหลักสูตรการเรียนการสอนให้ทันสมัย สอดคล้องกับหลักสูตรมาตรฐานของกองการพยาบาล กระทรวงสาธารณาสุขอยู่เสมอ
ปี พ.ศ. 2508 ทำการปรับปรุงหลักสูตรอีกครั้ง โดยแยกหลักสูตรการพยาบาลออกจากวิชาการผดุงครรภ์ ระยะเวลา 3 ปีและ 6 เดือนตามลำดับ อีกทั้งได้เพิ่มคุณสมบัติผู้สมัครเข้าศึกษาจากเดิม คือชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 เป็นมัธยมศึกษาปีที่ 5
ปี พ.ศ. 2529 โรงเรียนพยาบาลโรงพยาบาลมิชชั่น ได้รับอนุมัติจากทบวงมหาวิทยาลัยเมื่อวันที่ 25 มีนาคม 2529 ให้จัดตั้งเป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชนในนาม “วิทยาลัยมิชชัน” จัดตั้งภายใต้มูลนิธิคริสเตียนเมดิคอลของเซเว่นธ์เดย์แอ๊ดเวนตีส โดยเปิดดำเนินการคณะพยาบาลศาสตร์เป็นคณะแรก และจัดการเรียนการสอนหลักสูตรปริญญาตรี 4 ปี พยาบาลศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาพยาบาลศาสตร์ เป็นหลักสูตรแรก
ปีการศึกษา 2533 วิทยาลัยมิชชันได้รับอนุญาตให้จัดตั้งวิทยาเขตขึ้นที่อำเภอมวกเหล็ก จังหวัดสระบุรี เพื่อขยายโอกาสทางการศึกษาระดับอุดมศึกษาแก่เยาวชนในส่วนภูมิภาคโดยจัดการเรียนการสอนในคณะบริหารธุรกิจ 2 สาขาวิชาคือ สาขาวิชาการบัญชีและสาขาวิชาการจัดการ และอีก 1 ภาควิชาอิสระในสาขาวิชาภาษาอังกฤษ
ปี พ.ศ. 2540 วิทยาลัยเซ้าท์อีสเอเชียยูเนียน (Southeast Asia Union College) สถาบันอุดมศึกษาในเครือเซเว่นธ์เดย์แอ๊ดเวนตีส ณ ประเทศสิงคโปร์ ย้ายมารวมกับวิทยาลัยมิชชัน วิทยาเขตมวกเหล็ก ที่อำเภอมวกเหล็ก จังหวัดสระบุรี เพื่อให้เป็นวิทยาลัยนานาชาติในภาคพื้นเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ โดยมีวัตถุประสงค์ให้เป็น Living Learning Center คือ มีโรงเรียน บ้าน และโบสถ์อยู่ในบริเวณเดียวกัน
อนุสาวรีย์ที่แสดงถึงการรวมตัวกันของสามสถาบัน
ปีการศึกษา 2542 คณะบริหารธุรกิจเปิดสอนหลักสูตรนานาชาติ 3 สาขาวิชาคือ สาขาวิชาการบัญชี สาขาวิชาการประกอบการธุรกิจ และสาขาวิชาระบบสารสนเทศคอมพิวเตอร์ ต่อมาสาขาวิชาการประกอบการธุรกิจได้เปลี่ยนชื่อเป็น สาขาวิชาการประกอบการธุรกิจและการจัดการ ในปีเดียวกันนี้ได้จัดตั้งคณะต่างๆ ขึ้นอีก 3 คณะคือ
คณะวิทยาศาสตร์ เปิดสอนสาขาวิชาชีววิทยาและสาขาวิชาคณิตศาสตร์
คณะศาสนศึกษา เปิดสอนสาขาวิชาคริสต์ศาสนศึกษา
คณะศิลปศาสตร์และมนุษยศาสตร์ เปิดสอนสาขาวิชาภาษาอังกฤษ และสาขาวิชาจิตวิทยาและการศึกษา และได้ยกฐานะภาควิชาอิสระ สาขาวิชาภาษาอังกฤษของหลักสูตรไทย มาอยู่ภายใต้คณะนี้
เนื่องจากคุณสมบัติข้อหนึ่งของผู้สมัครเข้าศึกษาในหลักสูตรนานาชาติ ต้องมีความรู้และทักษะทางด้านภาษาอังกฤษตามเกณฑ์ที่กำหนดไว้ในหลักสูตร ดังนั้นในปี พ.ศ. 2542 วิทยาลัยได้จัดการสอนวิชาภาษาอังกฤษ (English as a Second Language) เพื่อเตรียมความพร้อมด้านภาษาให้กับนักศึกษาที่ประสงค์จะเรียนหลักสูตรนานาชาติและบุคคลทั่วไปที่สนใจพัฒนาทักษะด้านภาษาอังกฤษ
ปี พ.ศ. 2547 เปิดสอนหลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต สาขาวิชาชีพครูให้กับผู้ประกอบวิชาชีพครู เพื่อเพิ่มทักษะ ความสามารถในการสอน และให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ
ปี พ.ศ. 2548 เปิดสอนในระดับบัณฑิตศึกษา 1 หลักสูตร คือ หลักสูตรศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการสอนภาษาอังกฤษเป็นภาษาที่สอง เพื่อรองรับความต้องการบุคลากรในด้านนี้ในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ โดยวิทยาลัยได้รับความร่วมมือทางวิชาการและบุคลากร จากวิทยาลัยอวอนเดล (Avondale College) ประเทศออสเตรเลีย
ปีการศึกษา 2549 ได้จัดตั้งคณะศึกษาศาสตร์และจิตวิทยา และได้ย้ายสาขาวิชาจิตวิทยาและการศึกษา มาอยู่ภายใต้การดูแลของคณะนี้
ปีการศึกษา 2550 ได้รับอนุมัติให้เปิดหลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต สาขาวิชาการสอน และหลักสูตรศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการสอน (หลักสูตรใหม่ พ.ศ. 2550)
ทุกหลักสูตรได้รับการรับรองมาตรฐานการศึกษาจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษาอย่างไม่มีเงื่อนไข
เมื่อวันที่ 30 มิถุนายน 2552 สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ได้อนุมัติให้วิทยาลัยมิชชันเปลี่ยนชื่อและประเภทเป็นมหาวิทยาลัย โดยใช้ชื่อภาษาไทยว่า มหาวิทยาลัยนานาชาติเอเชีย-แปซิฟิก (ม.น.อ.) ชื่อภาษาอังกฤษว่า Asia-Pacific International University (A.I.U.)
เครื่องหมายและตราสัญลักษณ์มหาวิทยาลัย
เครื่องหมาย ที่มหาวิทยาลัยกำหนดให้ใช้กับเครื่องแบบนักศึกษา และใช้เป็นตราสัญลักษณ์ในโอกาสและวาระต่างๆ ในกิจการของมหาวิทยาลัย เครื่องหมายของมหาวิทยาลัยประกอบด้วยแถบวงกลมสีน้ำเงินด้านบนขนาด ¾ ของวงกลม มีชื่อมหาวิทยาลัยเป็นภาษาอังกฤษและตัวเลข 1947 เป็นตัวอักษรสีขาว ส่วนของวงกลมด้านขวาล่างขนาด ¼ ของวงกลม ไม่มีขอบ ครึ่งล่างภายในวงกลมมีเส้นขนานเป็นริ้วสีฟ้า ตรงกึ่งกลางวงกลมมีโล่ขอบดำ ภายในโล่มีรูปเปลวไฟ หัวนกพิราบ และหนังสือที่กางออก กึ่งกลางหนังสือมีอักษรภาษาละติน SAPIENTA VITAM TRIBUUNT